Secondo la fonte più antica a noi nota su San Rufino -il celebre sermone scritto da San Pier Damiani tra il 1052 e il 1069- il corpo del martire sarebbe stato trasportato in città dall’originario luogo di sepoltura nel suburbio a causa del “gentilis impetus terrore”: si è ipotizzato, quindi, che la traslazione sia avvenuta al tempo delle invasioni longobarde, tra l’VIII e il IX secolo.
Giunte all’interno delle mura urbane, le spoglie del primo vescovo di Assisi sarebbero state deposte poi in una “parva basilica”, una piccola chiesa a lui dedicata che forse era situata nei pressi del luogo in cui sorge il sagrato della Cattedrale attuale.
Alcuni frammenti lapidei dell’VIII secolo, riutilizzati nella chiesa romanica fatta edificare all’incirca duecento anni più tardi dal vescovo Ugone, sarebbero appartenuti con molta probabilità all’umile chiesetta primitiva, che si trova menzionata in maniera esplicita all’interno una pergamena dell’Archivio della Cattedrale per una donazione fatta in suo favore già nel 1007.
Fra gli elementi verosimilmente provenienti da quell’edificio il più importante è senza dubbio il bassorilievo che decora l’esterno dell’antica porta d’accesso alla Cripta, raffigurante motivi a treccia, due uccelli ai lati di una croce e, al di sotto di essi, due grappoli d’uva.
Da considerare inattendibile è invece la data 412 indicata come anno di fondazione della “parva basilica” nella lapide cinquecentesca che è visibile davanti al fonte battesimale all’interno della Cattedrale: questa cronologia potrebbe essere stata infatti desunta da una leggenda risalente al XIV secolo, la cosiddetta Inventio secunda.

Nel sermone scritto da San Pier Damiani la costruzione di un secondo edificio in onore del Patrono di Assisi, la “magnam ecclesiam” che si deve all’iniziativa del Vescovo Ugone (1028-1059 circa), viene collegata al ritrovamento del sarcofago che avrebbe ospitato le spoglie mortali di San Rufino prima che queste fossero traslate nella “parva basilica”.
Secondo il racconto, in un primo momento il volere episcopale sarebbe stato quello di trasferire il sarcofago, rinvenuto nel contado, nella vecchia cattedrale di Santa Maria Maggiore, per dotare l’edificio sacro di almeno una reliquia del Santo Patrono della città. Gran parte dei fedeli, tuttavia, si opponeva a questa scelta perché riteneva giusto che la cassa marmorea fosse ricongiunta al corpo di San Rufino nella piccola basilica a lui dedicata.
Che la volontà divina concordasse con quella dei cittadini di Assisi emerse chiaramente nell’impari tiro alla fune disputato per risolvere la contesa: sette campioni del partito del popolo riuscirono infatti a trascinare prodigiosamente verso di loro il pesante sarcofago, avendo la meglio su ben sessanta uomini che tiravano per il vescovo.
Ugone decise quindi di cogliere questo evento come un segno e fece riedificare, nello stesso luogo ma in forme più imponenti, una nuova chiesa in onore di San Rufino.
Attorno al 1035, inoltre, il vescovo fece di questa basilica la Cattedrale, sebbene il titolo, secondo alcuni storici, sarebbe stato mantenuto al contempo – almeno per un certo periodo – anche da Santa Maria Maggiore.
La Basilica Ugoniana o “magnam ecclesiam” occupava gran parte dell’attuale sagrato ed era appoggiata al muraglione romano. L’edificio, di stile romanico, terminava con un’abside semicircolare, i cui resti sono visibili dal pavimento in vetro in prossimità dell’ingresso della Cattedrale odierna.
La chiesa ugoniana era divisa in tre navate da colonne e capitelli. Il presbiterio era rialzato perché sotto di esso era situata la cripta, accessibile oggi all’interno del percorso del museo, così come il coevo chiostro dei Canonici.
L’originaria torre campanaria della Basilica, posizionata rispetto ad essa a sinistra dell’abside e costruita sopra la cisterna romana, svetta oggi al lato della facciata della Cattedrale che la sostituì.
Alcuni dei capitelli della Basilica Ugoniana -rinvenuti quando l’ambiente fu riscoperto, assieme ad altro materiale lapideo all’interno della Cripta dal canonico Giuseppe Elisei nel 1895-1896- sono custoditi all’interno del museo, nel corridoio.

Nell’anno 1134 il Capitolo dei canonici di San Rufino, presieduto dal Priore Raniero, decise di abbattere la Basilica Ugoniana e di costruire una nuova e più imponente cattedrale: essa venne edificata tra il muro di cinta romano e il lato posteriore della precedente, della quale furono conservati soltanto la cripta e la torre campanaria.
Una lapide murata all’esterno dell’abside ricorda che i lavori per il nuovo tempio, eseguiti su progetto del maestro Giovanni da Gubbio, furono avviati nel 1140:
ANNO DOMINI MILLENO/ CENTENOQUE QUADRAGENO AC IN QUARTO SOLIS/ CARDO SUUM EXPLET ILLO ANNO DOMUS HEC EST INCHOATA EX SUMPTIBUS APTATA A RA/INIERO PRIORE RUFINI SANCTI ONORE EUGUBINUS ET IOANNES HUIUS DOMUS QUI /MAGISTER PRIUS IPSE DESIGNATI DUM VIXITQUE EDIFICAVIT
“Nell’anno del Signore 1140 e sulla fine del quarto mese d’aprile, questo duomo fu cominciato e condotto provvedendo alle spese il priore Raniero in onore di S. Rufino, e Giovanni da Gubbio, che fu maestro in questo duomo dette per primo il disegno e, finché visse, ne presiedette l’innalzamento”.
Occorsero molti anni per portare a compimento la nuova Cattedrale, che San Francesco vide ancora in costruzione, perché le discordie civili tra le fazioni cittadine e i conflitti con le città vicine rallentarono notevolmente il procedere del cantiere. Si dovette attendere il 1210 perché, con un patto di pacificazione tra i Maiores e i Minores della città, fosse stabilita la prosecuzione dei lavori.
Nel 1212 vennero traslate nel presbiterio le ossa di San Rufino, mentre l’altare fu consacrato nel 1228 da papa Gregorio IX e solo nel 1253 Innocenzo IV consacrò l’intera chiesa.
Reputata – soprattutto grazie alla sua splendida facciata – uno dei massimi capolavori dell’architettura romanica umbra, la Cattedrale progettata da Giovanni da Gubbio era in origine a pianta basilicale, con tre navate scandite da pilastri molto alti e capitelli. La navata centrale aveva una copertura realizzata interamente in legno, mentre la struttura lignea delle navate laterali era sostenuta da archi ogivali in pietra. Nella navatella sinistra, il primo intervallo in prossimità del presbiterio mostrava le imposte di una volta asimmetrica, ma questa soluzione fu subito abbandonata per la sua fragilità.
L’edificio era coronato da una cupola a calotta, sorretta da pennacchi sferici. L’area presbiteriale era era sopraelevata, accessibile tramite gradini: al di sotto di essa si apriva una cripta.
L’edificio romanico presentò presto vari problemi strutturali, soprattutto a causa degli eventi sismici che interessarono l’area, e nel corso del XVI secolo fu necessario procedere ad una radicale ristrutturazione della chiesa.