San Rufino è venerato ad Assisi come primo vescovo e principale patrono della città.
L’esistenza di una “parva basilica”, una piccola chiesa risalente all’VIII secolo, ci permette di documentare il culto del santo nel territorio assisiate almeno a partire dall’epoca delle invasioni longobarde, quando il suo corpo venne traslato all’interno delle mura urbiche dal luogo del martirio.
Secondo il racconto della Passio Sancti Rufini -che è riportato da vari codici, il più antico dei quali è un Passionario della Cattedrale di Perugia risalente all’XI secolo- Rufino e suo figlio, il presbitero Cesidio, sarebbero originari della città di Amasia. Dal Ponto, dopo aver convertito persino il proconsole Andrea, sarebbero partiti alla volta della nostra penisola per proseguire la loro opera di evangelizzazione e sarebbero giunti a Trasacco, un paese della Marsia, nel quale rimase Cesidio trovandovi successivamente il martirio.
Il vescovo Rufino si trasferì invece ad Assisi, dove fu catturato dal proconsole Aspasio, che lo interrogò, lo fece battere con le piombaruole, gli fece percuotere la bocca e lo fece gettare in una fornace ardente, ma il santo venne liberato dal fuoco ad opera di un angelo.
L’imperatore stesso comandò quindi che Aspasio facesse gettare Rufino nell’acqua profonda con un sasso al collo: il santo morì l’11 agosto del 238 nel fiume Chiascio, nei pressi del paese di Costano. In questo luogo in cui un tempo esisteva anche una chiesa a lui dedicata menzionata già in un documento d’archivio del 1038.
A partire dal 1997 la festa di San Rufino ad Assisi e all’interno della diocesi è stata posticipata dall’11 al 12 agosto, per evitare la sovrapposizione con i festeggiamenti in onore di Santa Chiara.

Le più antiche raffigurazioni di San Rufino mostrano il patrono di Assisi con manto, mitria e pastorale, a sottolineare il suo ruolo di primo vescovo della città. A partire dal periodo della Controriforma, tuttavia, gli attributi iconografici del santo si fanno più chiari e immediati e Rufino viene rappresentato con la macina del suo martirio.